در مقابل ناکافیبودن تنوع در مبادلات تجاری، نبود مرکز تجاری ایران در قطر برای ارائه خدمات به تجار و بازرگانان ایرانی، ضعف در شناخت و آگاهی از بازار و نیازهای قطر و بازار آن کشور، پایینبودن سطح کیفیت و بستهبندی برخی کالاهای ایرانی، نبود تفکر بلندمدت درمیان تجار و بازرگانان ایرانی برای حضور در بازار قطر و کسب سهم بیشتر، نداشتن خدمات مناسب پس از فروش برخی از محصولات ایرانی، عدماستقرار رایزن بازرگانی ایران در قطر مهمترین نقاط ضعف روابط تجاری میان ایران و قطر است.
